《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，上原人类正式开始进出宇宙2世纪，上原但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
回复 :百木伦（福原香织 配音）个性活泼开朗，对烤肉有着无与伦比的爱意。常常因为外界刺激而情绪失控大暴走的她却偏偏在男生之间有着很高的人气。一井透（悠木碧 配音）是大大咧咧的小轮的“专职保镖”，运动细胞发达的她对一切怀有不正当目的接近小伦的生物都会施以无情的驱逐。西由宇子（寿美菜子 配音）看起来成熟大方，却在内心里意外的有着胆小懦弱的一面，并常常因为这矛盾的性格而遭到朋友们的捉弄。天王寺渚（内山夕实 配音）平时沉默寡言，可一旦开口其毒舌本质便会展露无遗。上述的四位少女因为缘分而走到了一起，个性强烈又迥异的四人之间，究竟会发生怎样有趣的故事呢？
回复 :没有血缘关系的都筑巧（冈本信彦 配音）和都筑乙女（佐藤聪美 配音）经营着一家生意惨淡的西点店“stray cats”，乙女天然呆和什么东西都喜欢往家捡的个性让巧十分头痛，同时，她制作糕点的技术和经营管理店面的技巧也给本身就岌岌可危的西点店雪上加霜。但是，在亲梅竹马泽文琴乃（伊藤加奈惠 配音）的帮助下，巧的日常还算是风平浪静。一切都在这一天发生了翻天覆地的变化，乙女居然捡回了一只外表怎么看都像是傲娇少女的“流浪猫”！“猫”的名字叫做雾谷希（竹达彩奈 配音），本来大叫着“丢掉她”的巧，却折服在了希在蛋糕制作方面的惊人手艺之下而将其留下帮忙。就这样，在一群损友的陪伴下，巧与流浪猫的快乐生活开始了。
回复 :莲川一也（佐佐木望 配音）是一个平凡的少年，和哥哥莲川一弘（井上和彦 配音）过着相依为命的生活。哥哥即将结婚了，可是，他的结婚对象竟然是一也的初恋，这让初涉爱河的一也备受打击，感到在家中毫无容身之处。终于，一也升入了高中，虽然过程有一点坎坷，但是踏入私立绿都学院高中校门的一瞬间，他的内心还是有着小小的激动。一也入住了男生宿舍绿林寮，在这里，他结识了风度翩翩温柔体贴的宿舍长池田光流（岩田光央 配音）、总是绷着一副面孔但实际上非常温柔的手冢忍（关俊彦 配音）和看上去完全就是一个女生但实际上是男儿身的如月瞬（坂本千夏 配音）等人。
