柯南和小五郎等拉着大队，国产来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，国产大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
回复 :战火纷飞的外星异世界，一艘太空船摆脱追兵高速离去。此刻在银河遥远的另一端，地球上的天才少年发明家阿纯正和一班朋友们过着无忧无虑的校园生活。晚上阿纯回到家时，家里自制的飞碟探测器突然警报大作。阿纯激动地邀约死党凌子前往郊外寻找坠落的飞碟，在一个燃烧着火焰的大坑旁边，阿纯找到了有生以来最大的发现——装有外星人的逃生舱……
回复 :战火纷飞的外星异世界，一艘太空船摆脱追兵高速离去。此刻在银河遥远的另一端，地球上的天才少年发明家阿纯正和一班朋友们过着无忧无虑的校园生活。晚上阿纯回到家时，家里自制的飞碟探测器突然警报大作。阿纯激动地邀约死党凌子前往郊外寻找坠落的飞碟，在一个燃烧着火焰的大坑旁边，阿纯找到了有生以来最大的发现——装有外星人的逃生舱……
