《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中，市区故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上，市区在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄，一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄，在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色，不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……
甘雅丹
回复 :一名戴面具的男子自昏迷中醒来，回忆一片空白，然而眼前所见到的，却是长着耳朵和尾巴的怪异女子。原来女子名叫艾露露（柚木凉香 配音）。艾露露告诉男子，她是“亚人类”，她和她同族的同伴们住在远离城市的深山之中，靠种植和农耕过着朴素的生活。族长将哈克奥罗（小山力也 配音）的名字赐予男子，从此，哈克奥罗便在这宁静的山村里过上了平静的生活。村子里住着一群善良快乐的人们，哈克奥罗运用自己的智慧帮助村民们开垦耕种，极快的提高了粮食的产量，同时在村民中也有了很高的威望。当村民们正为了这个丰收年而举族欢庆的时候，野心勃勃的藩主将贪婪的目光投向了他们。藩主克扣粮食又增加赋税，让本来就清贫的村民们不堪重负。终于，在忍无可忍之中，村民们爆发了，而带领起义军英勇战斗的不是别人，正是哈克奥罗本人。他们能推翻腐朽的统治吗？哈克奥罗的真实身份究竟是谁？这一切都在战争的推进中得到了解答。
回复 :因为家人工作的原因，原本生活在繁华大都市的鹤木阳渚（高尾奏音 配音）搬到了风景秀美的乡下，并且进入了那里的学校就读。并不适应室外作业的阳渚本想加入学校的手工社团，哪知道在误打误撞之下遇见了名为黑岩悠希（筱原侑 配音）的前辈，在前辈的威逼利诱之下，阳渚最终加入了悠希所在的海堤社。 个性大大咧咧，运动神经极为发达的帆高夏海（川井田夏海 配音）、性格沉稳，尤其擅长烹饪的大野真（明坂聪美 配音），再加上一个非常习惯恶搞社员，思维过于活跃和跳跃的社长悠希，阳渚充满了欢笑和汗水的课后部活就此拉开了序幕。
回复 :地心引力不再的东京，一名男孩和女孩相互倾心……世界各地降下一阵泡泡雨，地心引力定律就此瓦解，故事在此时从东京开展。东京与外界彻底隔绝，成了一群年轻孤儿的游乐场。大伙在此成群结队，穿梭跳跃各个建筑，上演跑酷大战。以危险的游戏风格闯出名号的年轻好手响，某天不慎失足，坠入扭转重力的海里，幸而被掌握神秘力量的女孩诗搭救。接着，俩人竟听见别人完全无法耳闻的独特声响。诗为何会出现在响的面前？俩人相遇，继而揭开足以改变世界的真相。
