柯南和小五郎等拉着大队，春暖来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，春暖大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :紫殿学院校长皇尚跟亲生女儿甜丝丝失散多年，日夕思念，终在机缘巧合下重遇丝丝，皇尚大为安慰。久别重逢，皇尚对丝丝宠爱有加，事事以丝丝的喜好为大前提。丝丝可爱聪颖，活泼天真，惟自小缺乏严父的督促，加上于低下层的生活环境影响下，沾染了不少恶习，有欠淑女的风范。皇尚身为城中名校的校长，为不少家长栽培出色的子女，皇尚也决心把丝丝重新教导成一个品学兼优、高贵优雅的淑女。 丝丝天性好玩，而且早已习惯自由自在的生活，于必须规行矩步的校园中做出不少捣蛋惹笑的行为，为严肃的校园带来了新气象。丝丝在学校认识了几位好友心柔柔、华伦和武状元，好友们的性格各有特色，亦各有长短，四个小孩走在一起，一同学习，一同经历，为平淡的校园生活加添了不少欢笑。
回复 :一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。
回复 :天神星的危机尚未解除，新的威胁却又紧接而来… 大天神众人被龙牙兵层层包围之际，在魔化器的催生之下，恶狗将军降世了！ 靠着恶狗将军压倒性的黑暗力量，不但天神星众人都被邪恶势力给制服，更糟的是，魔化器将大天神为首的众人都加以复制出了邪恶的版本。飞碟城里出现了一个神秘的人物，他不但向众人发动攻击，更强行带走了水魔！麻烦的是，受到攻击的星猫中毒了，只有薇薇的净化之力可以为星猫解毒。虽然薇薇然对自己的能力没有信心而不愿意尝试，但是在众人的信赖和鼓励下，薇薇最后不但救了星猫，更成功的掌握了净化之力。阿修和蜻蜓怪激烈的缠斗着。激战中，蜻蜓怪再次进化成蛇怪….
