それぞれの夢や悩みを抱えながら、圣斗士星矢圣说私立巡ヶ丘学院高校に通う生徒たち。3年生の窪田梢（武田玲奈）と篠原実咲（上原実矩）はコンクールに応募しようとドキュメンタリー作品の制作に忙しく、圣斗士星矢圣说2年生の原田璃子（森迫永依）は、幼なじみの高城真帆（優希美青）に冷たくされながらも彼女を慕っていた。また演劇部では、仲間との意見の食い違いに悩む3年生の沢渡ゆかり（桜井日奈子）の姿があった。みんな学校生活を頑張りながら、やさしい保健の先生・佐倉慈（おのののか）にそれぞれの悩みを打ち明け、不安な気持ちを紛らわす……そんないつもの日常のなか、突然生徒の悲鳴が放課後の校内に響きわたる。