柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
回复 :克里斯丁（凯莉·谢里丹 Kelly Sheridan 配音）是一名芭蕾舞者，在严格的老师娜塔莎（塔比莎·杰曼 Tabitha St. Germain 配音）手下学习。同时在拜在娜塔莎门下的，还有另一个非常优秀的舞者塔拉（阿里·利伯特 Ali Liebert 配音）。娜塔莎非常喜欢塔拉，塔拉也因为得到了老师的喜爱和认可而沾沾自喜。娜塔莎希望克里斯丁能够像塔拉一样跳舞，但克里斯丁是一个非常有主见的女孩，总是违抗师命，这让娜塔莎觉得很不高兴。一天，克里斯丁在偶然之中得到了一双粉红色的芭蕾舞鞋，穿上了舞鞋的她和舞蹈团的裁缝海丽（凯蒂·克朗 Katie Crown 配音）一起被传送到了一个芭蕾舞的世界之中。
回复 :承接上一部的故事，杨来西依旧为抗日事业贡献着他的力量。杨来西带领抗日小分队，积极为新四军运送物资，刺探情报。利用情报，新四军在江边夜战取得了全面胜利。杨来西为一个伤兵送信到浙东抗日根据地，让马队长提前知悉了日军的阴谋，想出“空城计”吓退了日军。加入新四军后，杨来西跟随杨队长参与作战，成功击杀准备潜逃的日本军官。后来，杨来西跟随浙东游击纵队通过红色通道北撤，他发誓，一定要将日本鬼子赶出中国。
蓝心湄
回复 :铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。
