《百妖谱》第四季动画故事讲述，秘密桃天带着小和尚磨牙、秘密小狐妖滚滚和桃都老邻居柳公子一起继续为了寻找失踪的百妖谱而云游四方，在途中遇到暗刀、百知、风果、孰湖、枫生、趸鱼六个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症的故事。