某天，隔壁柯南因感冒在家休息，隔壁期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过去的10年里不断服用解毒药导致产生抗药性，最近5年已无法变会原有状态。失落的柯南无奈看着周遭的转变，更让他倍受打击的是，小兰决定放弃杳无音讯的新一而嫁给新出老师。他们的恋情亦梦以幻，何以为终……
回复 :在距离魔仙堡不远的地方，有着另一个魔法王国，名叫“魔法彩灵堡”，这里是一个充满色彩、充满欢乐和充满幽默感的世界。彩灵堡魔法世界仿佛就是一个无忧无虑、和平欢乐的魔法国度。直至一天，在彩灵 堡魔法王国边缘，一个黑灰色的小岛上，小岛的主人——黑咒魔王刚从长眠中醒过来。黑咒魔王为了要让黑咒岛变得更强大，他的方法就是要将彩灵堡的“色彩魔法能量”占为己有，性格怪癖的黑咒魔王派遣他的手下——黑豆兵，秘密潜入彩灵堡，偷取色彩能量。彩灵堡公主眼见自己的国民被欺负，自己又因为被神秘的咒诅变成了一只精灵而无计可施。但她怎么也想不到，竟然会有三个来自人类世界的奇怪美少女，成为她的亲密伙伴，跟她一起对付黑咒魔王。而这魔法小国和平欢乐的气氛也因为这三个从人类世界闯进来的少女而发生了很大的变化
回复 :冬季無限軌道杯第2回戦。勝利のため、あらゆる「突撃」を駆使した戦法で迫り来る知波単学園に、大洗女子学園は大苦戦！ジャングル、そして夜戦という環境の中、追い詰められたみほ達に逆転の一手はあるのか？他校の試合も見逃せない！サンダースvs継続、黒森峰vsプラウダ、聖グロvsアンツィオの試合の行方はもはや予測不能！？それぞれに白熱する試合模様！勝利をつかむのは、果たして――！？
回复 :柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题